Nueva tecnología descifra el parloteo de los microbios

Nueva tecnología descifra el parloteo de los microbios

Para ayudar a producir la nueva herramienta de investigación, que los investigadores llamaron microbeMASST, los investigadores del Centro Colaborativo de Metabolitos Microbianos de UC San Diego recopilaron más de 100 millones de puntos de datos de 60.000 muestras microbianas distintas, reunidas por científicos de todo el mundo. Esta base de datos ha sido seleccionada meticulosamente a partir de contribuciones de la comunidad y curación de metadatos, e incluye microbios de plantas, suelos, océanos, lagos, peces, animales terrestres y humanos.

Al comparar una muestra experimental con esta enorme biblioteca de microbios individuales, microbeMASST puede detectar qué microbios están presentes en esa muestra.

“Ninguna herramienta existente puede hacer esto y la nuestra puede hacerlo en segundos”, añadió Zuffa.

Dado que microbeMASST puede identificar microbios en una muestra sin ningún conocimiento previo, los investigadores confían en que las aplicaciones de esta tecnología se extiendan a diversos campos de la biología, como la acuicultura, la agricultura, la biotecnología y el estudio de problemas de salud de origen microbiano.

“Anticipamos que microbeMASST será un recurso transformador para la comunidad de investigación de ciencias biológicas”, dijo Dorrestein. “Además, la herramienta solo mejorará con el tiempo a medida que la comunidad recopile más datos para que el sistema los utilice como referencia”.

Los coautores de UC San Diego Simone Zuffa, Robin Schmid, Anelize Bauermeister, Paulo Wender P. Gomes, Andrés M. Caraballo-Rodríguez, Yasin El Abiead, Jasmine Zemlin, Michael J. Meehan, Allegra T. Aron, Nicole E. Avalon, Nuno Bandeira, William H. Gerwick, Ekaterina Buzun, Marvic Carrillo Terraces, Chia-Yun Hsu, Renee Oles, Adriana Vasquez Ayala, Jiaqi Zhao, Hiutung Chu, Mirte CM Kuijpers, Sara L. Jackrel, Benjamin S. Pullman, Rob Knight y Daniel McDonald.

Otros coautores incluyen a Alegra T. Aron de la Universidad de Denver, Emily C. Gentry de Virginia Tech, Robert H. Cichewicz de la Universidad de Oklahoma, Fidele Tugizimana, Lerato Pertunia Nephali e Ian A. Dubery de la Universidad de Johannesburgo. Leticia . Veras Costa-Lotufo, Norberto Peporine Lopes y Paula Rezende-Teixeira de la Universidad de Venda, Bipin Rimal, Andrew D. Patterson, Matthew F. Traxler y Rita de Cassia Pessotti de la Universidad Estatal de Pensilvania, Daniel Alvarado- Villalobos, Giselle Tamayo- Castillo, Priscilla Chaverri, Efraín Escudero-Leyva y Luis-Manuel Quiros-Guerrero, Adriano Rutz, Jean-Luc Wolfender y Pierre-Marie Allard en la Universidad de Ginebra; Andreas Sichert y Sammy Pontrelli de ETH Zurich; Tubinga, Nicole Aiosa y Neha Garg. Henna Gadhavi, Luiz Pedro Sorio de Carvalho y Mariana Silva dos Santos del Instituto Francis Crick, Alicia Isabel Perez-Lorente, Carlos Molina-Santiago y Diego Romero de la Universidad de Málaga-Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Giorgia La Barbera y Henrik M Roager de la Universidad de Copenhague, Martin Frederik Laursen de la Universidad Técnica de Dinamarca, Fabian Hammerle, Bianka Siewert y Ursula Peintner de la Universidad de Innsbruck; , Evelyn Rampler, Felina Hildebrand, Gunda Koellensperger, Harald Schoeny, Katharina Hohenwallner y Lisa Panzenboeck de la Universidad de Viena, Rachel Gregor del Instituto Tecnológico de Massachusetts, el estudio fue dirigido por J. Bale, Su Ding y Jaap S. Sinninghe Damté del Instituto Holandés de Investigación Marítima, Xue Li Guan de la Universidad Tecnológica de Nanyang y Xue Li Guan de la Universidad Tecnológica de Nanyang. Hector HF Koolen de la Universidad Estatal de Amazonas, Carlismari Grundmann de la Universidad de São Paulo, Ribeirão Preto, Jason A. Clement del Instituto Baruch S. Blumberg, Hosein Mohimani de la Universidad Carnegie Mellon, Kerry L. McPhail de la Universidad Estatal de Oregon, Sidnee E. Ober-Singleton de la Universidad Estatal de Oregón, Christopher M. Rath de Emmeryville CA y Mingxun Wang de la Universidad de California, Riverside.

Este estudio fue financiado en parte por los Institutos Nacionales de Salud (subvenciones U24DK133658, U19AG063744, 1DP2GM137413, F32AT011475, R01 GM107550, R01 GM137135, U01 DK119702, S10 OD021750, 1R01LM013115, 1R 01GM132649, DP1AT010885, T32 DK007202), la Fundación Nacional de Ciencias (subvención 2152526), ​​​​el Departamento de Agricultura de EE. UU., Servicio de Investigación Agrícola, la Fundación Nacional de Investigación de Corea (subvenciones NRF-2020R1C1C1004046, NRF-2022R1A5A2021216 y NRF-2022M3H9A2096191), el Fondo Austriaco para la Ciencia (subvención P31915), la Fundación Alemana de Investigación ( subvención P31915), la Fundación Alemana de Investigación (subvención P31915). subvenciones EXC 2124 y TRR 261), la Fundación de Investigación de São Paulo (subvenciones #2018/24865-4, #2019/03008-9, #2020/06430-0, #2022/12654-4, #2015/17177-6, #2020/02207-5, #2021/10603-0), Consejo Nacional para el Desarrollo Científico y Tecnológico (CNPq), Consejo de Investigación de Noruega (subvención 311913), Fundación Novo Nordisk (subvención NNF19OC0056246), Fondo de Investigación independiente de Dinamarca (subvención 0171-00006B), proyecto ERA-Net Cofund BlueBio (subvención 311913), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas, Fundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul – FUNDECT (subvenciones 71/ 032.390/2022 y 311/2022), la Fundación Betty y Gordon Moore y la Sociedad Max Planck.

Divulgaciones: Pieter Dorrestein es asesor de Cybèle, fue consultado para MSD Animal Health en 2023 y es cofundador y asesor científico de Ometa Labs, Arome y Enveda con la aprobación previa de UC San Diego. Rob Knight es miembro del Consejo Asesor Científico y consultor de BiomeSense, Inc., donde posee acciones y recibe ingresos. Los términos de este acuerdo han sido revisados ​​y aprobados por la Universidad de California, San Diego de acuerdo con sus políticas de conflictos de intereses.

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